Bioinformatika – podcast

 

.

.

Přeji vám krásný den, mé jméno je Richard Keller a v tomto podcastu Vám chci říct něco málo o bioinformatice.

Určitě si vybavíte Vennův diagram, který vyjadřuje průnik vědních oborů tvořících základ informační vědy. Základní tři obory, které se nám zde setkávají, jsou 1)Filozofie a přírodní vědy 2) informatika a 3)aplikovaná informační věda. Na jejich průsečíku se nachází teoretická věda o informaci.

Bioinformatika je praktický obor, který spojuje dohromady informatiku v technologickém slova smyslu, aplikovanou informační vědu i teoretickou informační vědu. Podle encyklopedie Britanica je to „hybridní věda, která spojuje biologická data s technikami pro skladování informací, distribuci a  analýzu pro podporu rozličných oblastí vědeckého výzkumu včetně biomedicíny. Dobře bioinformatiku definuje také national institute of health. Podle toho je bioinformatika interdisciplinární pole, které rozvíjí metody a softwarové nástroje pro porozumění biologickým datům. Jakožto interdisciplinární sféra vědy kombinuje bioinformatika počítačovou vědu, statistiku, matematiku a technické obory na analýzu a interpretaci biologických dat. Může tedy být chápána jako věda o datech, která pomáhá řešit problémy v biologii a medicíně.

V součanosti je to obrovské a stále se zvětšující pole které nabízí spousty pracovních příležitostí. Vzhledem k tomu že oblast genetiky a biomedicíny vytváří gigantické objemy dat, je na ně zapotřebí aplikovat vzorce matematických kvantitativních teorií a aplikovanou teorii pravděpodobnosti.  Data jsou generována z oblastí jako je genomové sekvenování, měření genové exprese, sekvenování aminokyselin, měření průběhu syntézy DNA z RNA a tak dále.Obrovská data generují také oblasti metagenotiky a metaproteomiky, která se zabývají komplexním popisem organizmů v závislosti na jejich prostředí. Data jsou navíc rozdílná v závislosti na externích podmínkách, typu buňky a načasování vzhledem k životnímu cyklu buňky. Vznikají proto obrovské databáze, ve kterých je možné aplikovat metody data miningu. Existují také specializované genomové browsery, které se specializují na vyhledávání v genomu specifických živočišných druhů.

Zvláštností oblasti genomového sekvenování je fakt, že jsou veškerá sekvenční data volně přístupná v open access repozitářích. Tento druh přístupu ke zveřejňování dat je dokonce podmínkou pro publikování odborného článku. Tento fakt má nejen etický, ale také praktický rozměr, protože mapování lidského genomu je obrovský kolaborativní projekt který nemůže být prováděn v uzavřených kapslích. Výsledkem jsou databáze jako Worldwide protein databank, protein databank europe a protein databank japan.

Vědci si od rozvoje této oblasti slibují, že budou schopni předpokládat interakce mezi proteiny a predikovat formy nově vznikajících proteinů. Aplikace algoritmických procesů na bioinformatická data může odhalit nové souvislosti mezi genovými sekvencemi a nemocemi. Tím pádem budeme mít větší šanci preventativně bojovat s nemocemi, na které máme největší genetické predispozice a vytvářet velmi individuální léčebné postupy.

https://coggle.it/diagram/W_fKoyXDNPsgke-q/t/bioinformatika/0ceb5214eb134196e29ba21a968d20361bdb4008ebc83dd1cec1fda718a4e9c1

Napsat komentář

Vaše emailová adresa nebude zveřejněna. Vyžadované informace jsou označeny *